På internationell nivå sker samverkan med näringsliv samt via allianser och nätverk. Universitetet har även internationell studentsamverkan genom praktik på företag, ambassader, icke-statliga organisationer, EU-institutioner och FN.

Malmö universitet representerar Sverige i ett nätverk för de mest innovativa lärosätena i Europa, European Network of Innovative Higher Education Institutions (ENIHEI). I uppdraget ingår att bidra med idéer för hur högre utbildning kan leda till ökad innovationskraft samt vara föregångare när det gäller att implementera EU:s nya innovationsagenda. Universitetet är delaktiga i de tre arbetsgrupperna Promote the creation of university living labs, Training teachers to become actors of innovation och Fostering women leadership in deep-tech innovation.

New European Bauhaus är ett initiativ för att lyfta fram betydelsen av estetiska, sociala och kulturella värden i den gröna omställningen av samhället som ska bidra till EU:s klimatmål om en klimatneutral union senast år 2050. Det handlar om hur vi vill leva och bo i framtiden, med utgångspunkt i värderingarna: hållbarhet, estetik och inkludering. Bauhaus of the Seas Sails (BoSS) Malmö är ett pilot-projekt inom NEB som syftar till att utforska en ny havskultur i Malmö.

Alliansen CoARA har över 600 medlemsorganisationer, bland andra offentliga och privata forskningsfinansiärer, universitet, forskningscentrum och institut. CoARAs vision är att bedömningen av forskning, forskare och forskningsorganisationer ska ta hänsyn till de olika resultat, metoder och aktiviteter som maximerar forskningens kvalitet och genomslag. Detta kräver att bedömningen i första hand baseras på kvalitativa bedömningar, där kollegial granskning är central.

Cities Changing Diabetes är ett globalt partnerskapsprogram initierat av Novo Nordisk (ett globalt hälso- och sjukvårdsföretag) som svar på den dramatiska ökningen av diabetes i världen. Malmö är den första svenska staden som ansluter sig till det globala samarbetsprojektet för att hitta lösningar på problemen med ökande övervikt, fetma och diabetes lokalt.