På regional nivå samverkar universitetet med näringsliv och offentlig sektor exempelvis Region Skåne, andra regioner samt kommuner. Här finns bland annat samverkan med skolhuvudmän och vårdgivare. Samverkan med folktandvårdsorganisationerna i södra Sverige sker bland annat genom Klinisk Odontologisk Forskning i Sydsverige.

Lärosätet ingår även i Forsknings- och innovationsråde i Skåne tillsammans med bland annat näringsliv och offentlig sektor. Inom Open Lab Skåne sker samverkan med näringsliv inom t ex life science och materialvetenskap. Regionalt och lokalt sker samverkan även genom representation i styrelser samt medlemskap i nätverk och klusterorganisationer som företräder näringslivet. 

Samverkansavtal med Region Skåne

Ett centralt exempel på regional samverkan är universitetets samverkansavtal med Region Skåne. Malmö universitet och Region Skåne skapar betydande mervärde genom att tillsammans öka den gemensamma förmågan att ta initiativ och identifiera lösningar på komplexa samhällsfrågor. Samverkan är en viktig förutsättning för att båda parter ska kunna utföra sina respektive samhällsuppdrag och bidrar till utvecklingen av den egna verksamheten.